สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาประจวบคีรีขันธ์ จัดตั้งขึ้นตามประกาศกระทรวงศึกษาธิการ เรื่อง การกำหนดและแก้ไขเปลี่ยนแปลงเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษา ณ วันที่ 28 มกราคม พ.ศ. 2564 ได้กำหนดเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษา และที่ตั้งของสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษา เพื่อบริหารและจัดการศึกษาขั้นพื้นฐานระดับมัธยมศึกษา จำนวน 62 เขต โดยสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาประจวบคีรีขันธ์ประกอบด้วยท้องที่จังหวัดประจวบคีรีขันธ์ ให้สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาประจวบคีรีขันธ์ ตั้งอยู่ที่อำเภอเมืองประจวบคีรีขันธ์
ภายในปี พ.ศ.2570 สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาประจวบคีรีขันธ์เป็นองค์กรแห่งนวัตกรรมการศึกษา พัฒนาผู้เรียนคุณภาพสู่สังคม
1. ส่งเสริม สนับสนุนการจัดการศึกษาเพื่อความเป็นเลิศของผู้เรียนเต็มตามศักยภาพตามแนวพหุปัญญา เพิ่มขีดความสามารถในการแข่งขัน และพัฒนาคุณภาพผู้เรียนให้มีสมรรถนะและทักษะที่จำเป็นในศตวรรษที่ 21
2. พัฒนาผู้บริหารสถานศึกษา ข้าราชการครูและบุคลากรทางการศึกษา ให้เป็นบุคคลคุณธรรม มีจรรยาบรรณวิชาชีพครู และมีความเชี่ยวชาญในการจัดการเรียนรู้ที่ตอบสนองทิศทางการพัฒนาของประเทศ
3. ส่งเสริม สนับสนุน และพัฒนาสถานศึกษา และระบบการบริหารจัดการให้มีความปลอดภัย มีคุณภาพ เป็นองค์กรแห่งนวัตกรรมการศึกษา และองค์กรแห่งการเรียนรู้
4. พัฒนาระบบการบริหารจัดการคุณภาพ บนฐานการมีส่วนร่วมของภาคีเครือข่ายอย่างมีประสิทธิภาพ และประสิทธิผลเหมาะสมตามบริบท
